L'histoire s'articule autour du personnage de Robert Langdon, symbologisteaméricain entraîné malgré lui, lors d'un voyage à Paris, dans l'affaire du meurtre de Jacques Saunière, conservateur au Musée du Louvre.
Langdon est soupçonné du meurtre, principalement à cause d’un message
que Saunière a écrit sur le sol avant de mourir, s’achevant par la
phrase « P.S. Trouver Robert Langdon ». Seule Sophie Neveu, inspecteur
de police et petite-fille de Saunière, croit en l’innocence de
l’Américain. Elle va l’aider à échapper au commissaire Fache, lancé à
ses trousses, et à retrouver lui-même le vrai coupable pour prouver son
innocence. Mais pour cela, Langdon et Neveu devront, dans un premier
temps, chercher à comprendre le sens véritable du message de Saunière...
Ce qui suit dévoile des moments clés de l’intrigue.
Langdon et Neveu découvrent par la suite que Saunière était à la tête du Prieuré de Sion, et qu'il a été assassiné par un membre de l'Opus Dei.
Celui-ci voulait protéger un secret dont le conservateur du Louvre
avait connaissance, un secret susceptible d’ébranler les fondements de
la Chrétienté: Jésus de Nazareth a eu un enfant avec Marie-Madeleine.
Touché d’une balle dans le ventre, agonisant, Saunière a eu peur que le
secret ne se perde après sa mort, et a donc cherché à le transmettre à
sa petite-fille. Pour cela, il a écrit sur le sol un message abscons,
dont il espérait que seule Sophie pourrait le comprendre, à condition
qu'elle soit aidée par le symbologiste Langdon, en qui il avait
confiance (d’où le « Trouver Robert Langdon », qui n’est nullement une
accusation contre l'Américain). Il a également choisi de mourir dans
une position symbolique rituelle, rappelant celle de l’Homme de Vitruve, de Leonard de Vinci,
permettant ainsi à Sophie et à Langdon de comprendre que le fameux
secret a un rapport avec le peintre italien qui fut, selon le roman, le
chef du Prieuré de Sion.
Le sujet du Da Vinci Code est la lutte secrète entre les instances dirigeantes de l'Église catholique romaine et le Prieuré de Sion,
une ancienne et puissante confrérie. L'objet de cette lutte est un
secret connu des deux organisations, à savoir la paternité du Christ.
La divulgation de ce secret menacerait le pouvoir de l'Église et
risquerait d'ébranler les fondements de la civilisation occidentale.
Soucieuse de conserver son pouvoir, l'Église semble donc chercher à
détruire tout détenteur du fameux secret (dont le Prieuré), tandis que
les membres du Prieuré luttent pour la préservation de ce même secret,
qu'ils se transmettent de génération en génération. Est par ailleurs
évoquée en arrière-plan l'idée selon laquelle l'Église Catholique,
voulant acquérir et garder le pouvoir, s'est interposée et imposée
comme intermédiaire entre l'homme et Dieu. Ainsi, l'union sexuelle, qui
laisse toute la place à l'altérité homme - femme et qui est un moyen
privilégié d'entrer en contact direct avec Dieu (voir la scène du Hieros Gamos, Union sacrée), est déclarée péché.